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Appel à projet 2021-2

Équipement Map-InStoRe au fil de l'eau

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Manifestations d'intention > PaléoproNovo

Manifestation d’intention

Projet : PaleoproNovo-Map-InStoRe

Station de traitement de données paléoproteomique : solution informatique pour le séquençage de novo

 

Etablissement : Muséum national d’Histoire naturelle

Laboratoire : Plateau technique de spectrométrie de masse bio-organique, composante de la Plateforme Analytique du Muséum, Unité MCAM UMR 7245 (affiliation au DIM MAP demandée)

Porteur : Séverine Zirah

La Plateforme analytique du Muséum est constituée d’un ensemble de plateaux techniques implantés dans des Unités de recherche de l’Etablissement et fonctionnant grâce à des ingénieurs et techniciens du Muséum ou du CNRS relevant de ces mêmes Unités de recherche. Tous ces moyens analytiques sont coordonnés au sein de l’Action Structurelle du Muséum (ASM) "Plateforme analytique". Le plateau technique de spectrométrie de masse bio-organique (PtSMB) est implanté dans l’unité "Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes" (MCAM, UMR 7245 MNHN-CNRS). Il est utilisé pour la caractérisation de composés bio-organiques d’une grande diversité via des analyses ciblées ou pour des approches globales de protéomique ou de métabolomique. La paléoprotéomique est un axe transversal qui s’est développé au PtSMB suite au projet d’équipement ISOBIO (SESAME 2016). Il rassemble des unités issues des trois départements scientifiques du MNHN : l’UMR 7245 MCAM, l’UMR 7209 (Archéozoologie - Archéobotanique. Sociétés, pratiques et environnements), l’UMR 7194 (Histoire naturelle de l'Homme préhistorique), l’UMR 7206 (Éco-anthropologie) et l’USR 3224 (Centre de Recherche sur la Conservation), ainsi que des collaborations en Ile de France (UMR 8096 CNRS - Université Paris 1 Panthéon - Sorbonne, Archéologie des Amériques), nationales et internationales.

La paléoprotéomique est une méthode récente permettant de caractériser la fraction des protéines préservées au sein d’échantillons anciens, fournissant une signature moléculaire liée à la position taxonomique des échantillons. Une limitation de cette approche réside dans la nécessité de confronter les données générées à des bases de données pour identifier les espèces animales. Ainsi, pour les espèces non conventionnelles ou éteintes, seuls les plus proches parents présents dans les bases sont proposés. La station de travail PaleoproNovo permettra de réaliser un séquençage de novo couplé à l’interrogation des bases de données, et ainsi de proposer des séquences nouvelles apparentées à celles des bases de données. Cette étape est une véritable avancée pour la paléoprotéomique. Les données brutes et séquences générées seront déposées dans les bases de données publiques et seront ainsi consultables et réutilisables par la communauté scientifique.

Le logiciel BYONIC est un logiciel de protéomique qui permet de réaliser le séquençage de novo de peptides à partir de leur spectre de fragmentation (MS/MS), puis de confronter les séquences prédites à des bases de données afin de proposer une identification et des variations de séquences à partir des séquences des bases. Ce logiciel sera installé sur un poste de travail de type PC sous Windows 10 avec double processeur, 12 cœurs, une mémoire vive (RAM) de 64 Gb et une mémoire de stockage (SSD) de 1Tb. Ce poste de travail sera installé dans la salle des serveurs du PtSMB (climatisée) localisée dans l’Unité MCAM, et sera utilisable à distance.

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